真菌的生長方式是先長出菌絲，吸收營養，等菌絲長到一定程度，在適當時期才會長出繁殖的構造，所以在進行分類研究時，通常會先培養、觀察一段時間，等它們產生孢子時，再區分種類。而依照它們有性生殖方式所形成的孢子來分類，大致可分為五類，分別是：壺菌、接合菌、子囊菌、擔子菌和不完全菌。其中壺菌由於個體較小，肉眼看不到，所以在此不介紹其種類。而不完全菌中有時會因為發現歸屬於子囊菌或擔子菌類，所以分類地位目前較不確定。
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有毒還是無毒？
看到野外生長的菇類，大家的反應通常是有沒有毒？這裏要先說明的是其實大家都錯怪菇類了，雖然某些菇類有毒，但畢竟只是少數種類含有毒性而已。而且菇類的毒都是要接觸到體內才會產生影響，也就是說要吃下去才會有作用；只是用手觸摸或是鼻子嗅聞是絕不會中毒的，所以不必擔心或是害怕，看到的是不是毒菇。
至於如何分辨毒菇呢？對研究真菌的人來說這真是個難解的問題。這是因為菇的種類繁多，許多種類外觀相似，不用顯微鏡仔細觀察或用書比對，很難立刻分辨出它是那一種？是否含毒？例如：同樣是蘑菇屬的種類，多數是可食的，它們和洋菇關係相近，但其中的細鱗蘑菇卻是含毒的，而它和市場賣的洋菇看起來很像。毒菇的外觀各異，很難用幾個通則來鑑定它們，譬如有人說顏色鮮艷的一定有毒，但某些紅菇屬的種類，如：怡紅菇、絨紫紅菇，外觀美麗，卻是無毒可食，相反的鵝膏屬的某些種類如灰鵝膏、鱗柄白毒鵝膏看來不起眼，卻含有劇毒。
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